据AUTOMATON报道，《塞尔达传说：时之笛 重制版》在海外统计网站HowLongToBeat上的主线平均通关时间为17小时，主线加部分支线与收集为21小时，全要素通关为25.5小时。

作为对照，HowLongToBeat上N64原作的三个项目分别是27小时、30.5小时和37.5小时；3DS重制版《塞尔达传说：时之笛 3D》则是25小时、31.5小时和38.5小时。也就是说，重制版在各个项目上都比原作短了约10小时。

报道认为，通关时间缩短可能与两方面因素有关。其一是熟悉流程的老玩家在发售不久后就通关并提交了记录，拉低了平均值；其二是重制版本身做了易用性调整，包括自由镜头操作、跳跃与冲刺、道具快捷键和快捷菜单，以及部分区域之间的无缝连接。

原作中以难度著称的“水之神殿”也有改动：墙壁改为格子状后空间更容易辨认，配合快捷键切换重靴，在复杂结构中更不容易迷路。