《塞尔达传说：时之笛》重制版重新设计了水之神殿，重点改善原作辨路困难、移动缓慢和频繁切换装备等问题。参与设计原版迷宫的青沼英二将这次修改称为“迟交的作业”，并要求团队针对原版的高难度作出调整。

空间视觉是此次改动的重点。部分容易令玩家失去方向感的墙面改为格栅式结构，可以直接看到相邻房间。迷宫的墙壁、隧道、环境障碍和照明也经过重做，发光立柱等视觉线索将引导玩家前往新区域，帮助玩家理解整体布局并记住所在位置。

水下探索仍会保留。青沼英二希望延续水下声音和空间感带来的独特体验，同时通过更灵活的林克操控缓解原版水下移动过慢的问题。从目前有限的展示来看，敌人配置和谜题结构大体延续原作，但目标可能因视觉提示更加清楚而更容易识别。

重制版的全局玩法调整也会作用于水之神殿。玩家可以通过快捷界面切换道具，无需反复进入菜单，任务导航工具也得到强化。此外，游戏还加入完整的镜头控制和通用跳跃能力，在改善房间辨识与移动节奏的同时，保留水下探索和核心谜题特色。